Protocols

Extracción de ADN desde Muestras de Biofilm Subgingival/Submucoso (Periodontitis y Periimplantitis)

Protocolo para la toma de muestra y extracción de ADN desde biofilm subgingival y submucoso en pacientes con periodontitis o periimplantitis, con purificación mediante kit comercial Zymo Research para análisis de microbioma por secuenciación de ARNr 16S.

Getting Started on McCartney — HPC User Guide

Everything you need to connect, transfer data, load software, and submit jobs on the McCartney high-performance computing cluster. Version 0.2.

McCartney SLURM Script Generator

Interactive web app to generate ready-to-submit SLURM job scripts for the McCartney HPC cluster — supports single-core, multi-core, job arrays, and scratch filesystem.

DNA Extraction from Sterivex (0.22µm) or Polycarbonate Filter (3µm) (En Español)

Creado por el Laboratorio Castro.

1. Extracción de ADN

1.1 Materiales

  • Placa petri
  • Sonicador
  • Bisturí
  • Micropipeta (p1000, p200, p20)
  • Guantes
  • Buffer de lisis
  • Lisozima (100 mg/µl)
  • Tubo de molienda
  • Beads
  • Proteinasa K (200 mg/µl)
  • SDS 10%
  • Solución fenol-cloroformo-alcohol isoamílico
  • Isopropanol
  • Etanol 70%
  • Pinzas
  • Puntas micropipeta (p1000, p200, p20)
  • Tijeras de podar
  • Tubos (1.5 mL)
  • Tubos (2 mL)

1.2 Procedimiento

Retirar con pinzas estériles el filtro de policarbonato (3 µm) del tubo Falcon y depositarlo en una placa de Petri. Utilizando un bisturí y una punta de micropipeta P1000, cortar el filtro en pequeños trozos y transferirlos a un tubo de 2 mL con beads de borosilicato (Merck, Z273619-1EA). Por lo general, el filtro mantiene gotas residuales de filtración; transfiera todo el líquido al tubo con beads.

Sampling and Filtration of Water from Mesocosm Experiments (En Español)

Creado por el Laboratorio Castro.

1. Recolección de muestras de agua

1.1 Materiales

  • Generador Honda EU10i
  • Alargador
  • Electrobomba con rodete periférico
  • Malla de 50 µm (Sefar)
  • Manguera para bomba eléctrica (FLEXHOSE PVC FIBER REINFORCED 70 PS)
  • Cuerda (~60 m)
  • Bidones de 35 L
  • Sensor Hobo Onset Temp/Light
  • Amarracables (pequeños y medianos)
  • Guantes
  • Botellas J 125 mL
  • Multiparámetro (HANNA HI9829)
  • Caja con diversas herramientas
  • Jarro de 1 L
  • Paños de limpieza
  • Cinta americana (DuckTape)
  • Jeringa 50 mL

1.2 Procedimiento

El día anterior al muestreo, lavar todo el material (bidones y jarro) con agua corriente (1 vez), hipoclorito de sodio al 1% (1 vez) y agua miliQ (3 veces).

Capturing microbes with a Coriolis instrument and nucleic acid extraction (En Español)

Updated April 2023. Created by Dr. Sergio Guajardo.

1. Recolección de muestras de aire.

1.1. Materiales.

  • Coriolis µ

  • Base para muestreo prolongado

  • Trípode

  • Fuente de energía (corriente o generador Honda EU10i)

  • Botella de inyección con filtro de 0.2 µm

  • Mangueras de inyección

  • Cono de recolección estéril (autoclavado) o lavado (Agua bidestilada estéril apirógena, Hipoclorito de sodio 1%, etanol 70%)

  • Tampón de recolección estéril (Glicerol 2% autoclavado) idealmente diluir el glicerol en agua bidestilada estéril apirógena o agua miliQ.

Sampling the rhizosphere and extracting nucleic acids for viromes and metagenomes (En Español)

Updated April 2023. Created by Dr. Sergio Guajardo.

1. Recolección de muestras de suelo.

1.1. Materiales.

  • Bolsas para muestras estériles de 1L

  • Pala

  • Pala portátil o de jardineria

  • Etanol 70%

  • Toalla de papel

  • Estacas

  • Cordín

  • Regla de acero

  • pHmetro para suelo (HI981030, HANNA)

  • Medido de Conductividad para suelo (HI98331, HANNA)

  • Guantes de latex

    1.2. Procedimiento

Determinar un sitio de muestreo que contenga un numero suficiente de plantas (al menos 3 por especie) y establecer un punto central en el área de muestreo clavando una estaca para demarcarlo. Amarrar un cordín de tres metros a la estaca y tomar muestras dentro de este radio en todas las direcciones de forma aleatoria. Se considerarán como distintos sitios de muestreo, aquello lugares cuyos centros estén separados por 80-100 metros de distancia.